Stagione
Episodio
- Episodio 1: Pericolo sotterraneo
- Episodio 2: Processo alle tartarughe
- Episodio 3: Operazione Irma
- Episodio 4: Il Criceto Maltese
- Episodio 5: Tartarughe nel cielo
- Episodio 6: Scambio di cervelli
- Episodio 7: Il vero giornalista
- Episodio 8: La quinta tartaruga
- Episodio 9: Sua maestà il Re dei Topi
- Episodio 10: Tartarughe al centro della Terra
- Episodio 11: April e la sua sosia
- Episodio 12: Il grande Macc all'attacco
- Episodio 13: La spada Bidimensionale
- Episodio 14: L'inondazione
- Episodio 15: Chi è il capo?
- Episodio 16: I quattro tartarughieri
- Episodio 17: Il ratto delle tartarughe
- Episodio 18: Michelangelo e il suo doppio
- Episodio 19: Il giocattolo venuto da Antares
- Episodio 20: Videosequestro
- Episodio 21: La gelosia che pazzia
- Episodio 22: Il ritorno della Mosca
- Episodio 23: Casey Jones, eroe fuorilegge
- Episodio 24: Doppio mostro
- Episodio 25: Rapitori aziendali
- Episodio 26: Pizzeria da Shredder
- Episodio 27: Super Rocksteady e Mega Bebop
- Episodio 28: Amore e Fior di Loto
- Episodio 29: L'amnesia di Splinter
- Episodio 30: Il terrore delle paludi
- Episodio 31: Il compleanno di Michelangelo
- Episodio 32: Un nuovo amico
- Episodio 33: Il Kimono rubato
- Episodio 34: Usagi alla scoperta del mondo
- Episodio 35: Il Tarta-Robot
- Episodio 36: Un gas pericoloso
- Episodio 37: Sterminatori di tartarughe
- Episodio 38: Il grande Boldinì
- Episodio 39: La mappa rubata
- Episodio 40: Meglio essere tartarughe
- Episodio 41: Il Grybyx
- Episodio 42: Il signor Ogg va in città
- Episodio 43: Shredderville
- Episodio 44: Ciao ciao Mosca
- Episodio 45: Buio sul Tecnodromo
- Episodio 46: La grande irruzione
- Episodio 47: Il grande fallimento
Tartarughe Ninja alla riscossa Stagione 3 Operazione Irma
Quattro tartarughe cadono nelle fogne e fanno amicizia con Hamato Yoshi un giapponese mandato a New York che è stato costretto a vivere nelle fogne. Un giorno vede uno strano bagliore verde che trasforma le quattro tartarughe in creature simili agli umani. Hamato (ora Maestro Splinter) si trasforma in un ratto gigante dal bagliore verde e insegna alle tartarughe le abilità del ninja mentre fanno squadra con la giornalista April O'Neil per combattere contro l'arcinemico di Yoshi, Shredder e Krang, un signore della guerra alieno della Dimensione X.
